V roce 1997 se začal připravovat systém, určený k ochraně Prahy proti škodám působeným povodněmi na historických budovách, majetku i zdraví a životech obyvatel. Mobilní protipovodňové bariéry a stálé protipovodňové zemní hráze nebo železobetonové stěny mají zabránit především Vltavě a Berounce, aby se při povodni vylily mimo koryto do zástavby města, kde by mohly působit škody.
Liniová opatření jsou doplněna o uzávěry na kanalizační síti v místech, kudy by mohla povodní vzdutá voda pronikat zpět do chráněného území. Na kanalizační síti je dále zajištěno přečerpávání vnitřních vod mimo chráněná území. Na základě zkušenosti z povodně v srpnu 2002 byl návrh protipovodňových opatření oproti původnímu řešení upraven a nyní jsou navržena tak, aby ochránila město před účinky srovnatelných povodní na Vltavě o průtoku Q2002 = 5 300 m3/s, s bezpečnostní rezervou 30 cm.
Protipovodňová opatření na ochranu hlavního města Prahy byla rozdělena do osmi základních etap. Etapa 0001 Staré Město a Josefov byla dokončena již v roce 2000. Před rokem 2006 byla zrealizována Etapa 0002 Malá Strana a Kampa, Etapa 0003 Karlín a Libeň, Etapa 0004 Holešovice, Stromovka, Etapa 0005 Výtoň, Podolí a Smíchov a Etapa 0008 Protipovodňová ochrana Modřan. V roce 2007 byla zahájena zbývající Etapa 0006 Zbraslav a Radotín a Etapa 0007 Troja.
Etapa 0004, Holešovice a Stromovka, byla dokončena před rokem 2006. Opatření na Bubenském nábřeží byla sice započata již před povodní v roce 2002, ale ukázala se jako nedostatečná. V úseku Hlávkova mostu podél tržnice a objektu Light House bylo upraveno zábradlí umožňující umístění mobilních zábran. Liniová stavba PPO pokračuje přes Holešovický přístav po koruně přístavní hrany a chrání obytný komplex Prague Marina. V ulici Varhulíkové jsou železobetonové protipovodňové zdi zakomponovány do bytového komplexu River Lofts, na který navazují dvě proluky pro instalaci těžkých hradel. Železobetonová zeď pak střídavě s mobilními prvky pokračuje k mostu Barikádníků. Ochrannou funkci dále přebírá železniční val. Těžké hrazení je připraveno u podjezdu Za Elektrárnou a mobilními prvky se hradí dva podchody ve Stromovce.
V roce 2011 byla dokončena Etapa 0007 Troja. Po proudu za Mostem Barikádníků ji z části tvoří dosedací práh pro výstavbu mobilního hrazení a z části železobetonová zeď. Za vyústěním tunelu Blanka pokračuje hutněným zemním valem, který opět přechází v železobetonovou linii, „tzv. hladovou zeď“, pro instalaci mobilního hrazení. Etapa 0007 končí v ulici Pod Havránkou.
Ochrana před pronikáním velké vody se týká celého úseku levobřežního meandru Vltavy od Hlávkova mostu až po most Barikádníků a dále je součástí PPO železniční násep Českých drah, v jehož úseku se počítá s hrazením průjezdů v ulici Varhulíkové, viaduktu v ulici Za Elektrárnou a podchodů železniční trati ve Stromovce.
S protipovodňovými opatřeními souvisejí i již realizovaná opatření na stokách, zabraňující vnikání vody do chráněného území (hradidlové komory, zpětné klapky) a rovněž opatření zajišťující možnost čerpání vody.
Významným úkolem protipovodňové ochrany na území MČ Praha 7 je zajištění včasné evakuace kosy Holešovického přístavu především po kolaudaci části bytového komplexu (jaro 2017). Velký důraz bude kladen na spolupráci se složkami IZS a správcem objektů – na koordinaci sil a prostředků
