Povodeň v České republice 2013 probíhala ve třech navazujících vlnách: první od 29. května do 5. června po několikadenním dešti především v oblasti Středočeské pahorkatiny, ale i na severozápadě a severovýchodě Čech, druhá a zdaleka ne tak intenzivní přišla v důsledku intenzivních lokálních dešťů do nasycených jihočeských povodí od 10. června do 12. června a třetí, nejslabší vlna od 24. června do 27. června 2013 v oblasti Krkonoš, Jizerských hor a Českomoravské vrchoviny.
Hladina vody tedy postupně stoupala i v Praze, na což se město připravovalo předem: Magistrát dal vyklidit náplavky a zavřít Čertovku. Limnigraf Malá Chuchle vykázal 1. SPA (130 cm) už v pátek 31. 5. 2013 v poledne, 3. SPA (307 cm) byl překonán o 48 hodin později s průtokem 1500 m3/s. Během soboty se tak v Praze uklízely lodě z Vltavy a v neděli od 9:45 vyhlásil primátor "Stav nebezpečí" pro území hlavního města, odpoledne byla výška hladiny v Chuchli na 350 cm a průtok přes 1770 m3/s. Díky manipulaci s Vltavskou kaskádou se dlouho dařilo držet průtok vody Prahou na 2100 m3/s, v neděli večer 2900 m3/s. Výrazně se však rozvodnily neregulovatelné přítoky Vltavy, vedle Berounky zejména Botič (jenž zaplavil např. Hostivař a Záběhlice) a Rokytka. Vltava tak kulminovala v Praze v úterý 4. června ve 4:50 ráno, kdy byl v Malé Chuchli průtok 3040 m3/s při výšce hladiny 546 cm (hranice 3. SPA je zde 574 cm). Poté průtok strmě klesal tak, jak se manipulací na Vltavské kaskádě postupně dařilo vyrovnávat neregulované přítoky z Berounky nebo uvolňovat zásobní prostory přehradních nádrží pro avizované nové lijáky. Pod 3. SPA klesla až v sobotu 8. 6. po poledni, přičemž průtok během tří hodin klesl z 1600 na 1250 m3/s. V pondělí 10. 6. dokonce krátce klesla do 1. SPA, ale nová vlna vody v důsledku dalších dešťů zvedla v úterý 11. 6. hladinu opět do 2. SPA, s maximem „jen“ 240 cm / 1008 m3/s. Ale až v neděli 16. 6. před 3. h ranní klesla voda i pod 1. SPA. Limnigraf v centru Prahy, u Nemocnice Na Františku, zaznamenal nárůst od 300 cm / 500 m3/s v pátek 31. 5. v noci na 547 cm / 3193 m3/s v úterý 4. 6. v 7:00, což byla zdejší kulminace.
Na Vltavě profilech Praha – Malá Chuchle a Vraňany byla překročena úroveň 3. SPA po dobu 7 dní, nárůst průtoků po kulminaci trval 3,5 dne. Kulminační průtoky se v obou profilech pohybovaly mezi hodnotami Q20–Q50.
Dopravní podnik hl. m. Prahy již v sobotu přerušil provoz na tramvajové lince do Troje a v neděli 2. června uzavřel prvních 8 stanic metra (vlaky jimi pouze projížděly). V pondělí 3. června se provoz metra v centru zastavil úplně. Metro přestalo jezdit v úsecích Dejvická – Muzeum, Smíchovské nádraží – Českomoravská a Muzeum – Kobylisy.
O víkendu od 1. 6. (až do 3. 6.) došlo k evakuaci převážné většiny všech zvířat v dolní části Pražské zoologické zahrady. Pouze gorily byly přechodně uzavřeny v povodňové věži svého pavilonu.
Protipovodňová ochrana Prahy představuje velmi rozsáhlý komplex opatření, který je dlouhodobě realizován převážně z prostředků hlavního města Prahy. Tato protipovodňová opatření svou ochrannou funkci splnila.
Vznikly pouze dílčí poruchy v lokalitách:
•Zbraslav–Radotín, kde došlo k zatopení části chráněného území v důsledku nedostatečné funkčnosti zpětných klapek na kanalizaci.
•Libeňské přístavy, kde se vzhledem k dlouhotrvajícímu povodňovému přítoku Rokytku vyššímu nežli 20 m3/s a kapacitě povodňové čerpací stanice projevil jako nedostatečný retenční prostor bazénu v docích k transformaci povodňové vlny z Rokytky (přítok byl větší než kapacita čerpadel) a hladina v chráněném území vystoupala výše, nežli byl předpoklad pro technické řešení čerpací stanice.
Souhrnně lze konstatovat, že převážná většina posuzovaných protipovodňových opatření bez problémů splnila plně svůj účel nebo zajistila protipovodňovou ochranu do úrovně návrhových hodnot.
Průběh povodňových vln na Vltavě a Berounce
Velké problémy zapříčinilo rozvodnění pravostranných přítoků Vltavy přímo v hl. m. Praze, jmenovitě Botiče a Rokytky, kde zejména nástup povodňové vlny na Botiči, v úseku pod nádrží Hostivař, byl velmi rychlý a neočekávaný. Tento nadměrný průtok byl způsoben jednak touto extrémní srážkovou činností, ale zároveň i tím, že vlivem srážkové činnosti předchozích dní byla půda silně nasycena. V této horní části Botiče nejsou dále ani žádné ekvivalentní retenční prostory ani přirozené lokální retence, které by zpozdily průtok velkých vod. Vody vypouštěné z VD Hostivař v udávané hodnotě 74,49 m3/s dle limnigrafu pod VD Hostivař, tedy nad hodnotou Q100 = 60 m3/s, způsobily záplavu větší než Q100 a rozsáhlé záplavy městských částí ležících na Botiči.
Na Rokytce u soutoku s Vltavou v Praze-Libni došlo k vybřežení vody z koryta v důsledku vzdutí hladiny poté, co byla uzavřena protipovodňová vrata a čerpadla nestačila odčerpávat přitékající vodu z Rokytky do Vltavy. Zpětným vzdutím byla ovlivněna i hladina v profilu vodoměrné stanice, a proto hydrogram povodně v průtocích nebylo možné standardními postupy odvodit.